馬英九在“莫拉克”颱風期間遭質疑救災不力，台灣政治市場預測機構數據顯示，在8月18日，馬英九2012年當選機率為53.6%，馬英九連任機率隨著水災後救災行動下跌8.1百分點，不過在劉兆玄總辭後，以9月8日為準，馬英九連任機率回升到63.2%。

據台灣“今日新聞”報導，政大預測市場研究中心等機構合作的“未來事件交易所”，針對“馬英九是否會連任2012年”進行預測。在9月8日，“馬英九在2012年當選”合約的加權平均交易價格為63.2元，可以解讀為“市場預測馬在2012年當選的機率為63.2%”，顯示市場預期，隨著八八水災的救災重建工作與“內閣”改組後，馬英九連任機率已經回到了7月底、8月初的六成左右。

政大預測市場研究中心指出，“馬英九2012年當選”的合約在從今年4月11日開始上線交易，市場交易非常熱絡，累計至9月8日已經有66.5萬口交易量。此合約價格從5月中旬以後便維持在60元左右(馬英九在2012年當選的機率大約六成)，6月下旬此合約價格上漲到70元上下，但是7月下旬便又跌回60元左右的基本盤，顯示市場預期馬英九會連任的勝算仍然不低。

但是，八八水災發生之後，“馬英九2012年當選”合約交易量在12天之內暴增至25萬口，在8月20日加權平均價格觸底到51.8元，相較8月8日的加權平均價格暴跌9.8元，逼近50元的關卡。但隨著救災工作陸續進行，馬英九連任機率逐步回升到9月5日的5成8左右。 9月7日下午劉兆玄宣布“內閣”總辭，“馬英九2012年當選”合約交易量快數增加將近兩萬口，加權平均價格迅速攀升到9月8日的63.2元。